lammps模拟必须有势函数⽀持,如果找不到势函数,模拟将⽆法继续。
DeepMD基于机器学习的⽅法可以训练⾃⼰需要的势函数,解决了没有势函数的难题。
训练势函数主要使⽤DeepMD-kit,因此,本⽂主要介绍ubuntu系统下DeepMD-kit的安装。
DeepMD官⽹给出了三种安装⽅式:离线、conda、docker。
下⾯主要介绍使⽤conda安装DeepMD-kit。
⾸先,需要安装conda软件,如果已经安装conda,可以直接跳到第2步。
(1)conda安装
conda发⾏版本有很多,常⽤的有anaconda,miniconda等。
以anaconda安装为例,先到官⽹或者到下⾯⽹址下载安装包:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
下载完成后,复制到ubuntu的某个⽬录,使⽤cd命令进⼊到这个⽬录,运⾏安装命令
bash Anaconda3-XXX-Linux-x86_64.sh
安装完成后,打开.bashrc⽂件,添加环境变量
vim ~/.bashrc
在.bashrc最后⼀⾏添加环境变量,注意,sunny要改成⾃⼰的⽤户名
export PATH="/home/sunny/anaconda3/bin:$PATH"
运⾏source命令,使环境变量⽣效
source ~/.bashrc
完成以上步骤后,可运⾏以下命令测试是否安装成功。
conda --version
如果显示conda版本号,表示已经成功安装conda,下⾯开始安装DeepMD-kit。
(2)DeepMD-kit安装
DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据⾃⼰需求选择对应的版本。
在控制台输⼊对应的命令后会⾃动下载安装,安装过程会下载各种⽀持软件包,时间相对较⻓,耐⼼等待安装完成。
CPU版本:
(base)$ conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu libdeepmd=*=*cpu lammps -c https://conda.deepmodeling.org
GPU版本:
(base)$ conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*gpu libdeepmd=*=*gpu lammps cudatoolkit=11.3 horovod -c https://conda.deepmodeling.org
安装完成后,激活DeepMD环境
conda activate deepmd
左侧的(base)转变为(deepmd),表示已经成功进⼊DeepMD环境,可以进⾏深度势能训练了。
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THE END
